Még fel sem ocsúdott a kabinet a Mol-INA-ügyben 2016. december 23-án született, Zágrábra nézve kedvezőtlen választottbírósági határozatból, máris újabb csapással kellett szembenéznie a kormánynak. Az év elején kiderült, hogy súlyos pénzügyi gondokkal küzd Horvátország legnagyobb magántulajdonú vállalata, az Agrokor, a konszern megmentésére irányuló kormányzati döntések pedig az addigi koalíció széteséséhez vezettek.
A jobboldali Horvát Demokratikus Közösség (HDZ) megvált kisebbik koalíciós partnerétől, a Híd Függetlenek Listájától (Híd) és néhány hónappal később, hosszas tárgyalások után koalícióra lépett a liberális Horvát Néppárttal (HNS). Ezt megelőzően helyhatósági választásokat tartottak az országban, amelynek a kimeneteléttől függött, lesz-e új kormány vagy előrehozott parlamenti választásokat kell kiírni, két év alatt a harmadikat.
Mindeközben több ezren tüntettek Zágrábban és még néhány nagyobb városban az oktatási reform folytatásáért, és Horvátországot egyre több kritika érte az emberi jogok és a kisebbségek helyzete miatt is a világban. Különböző hazai és külföldi jogvédő szervezetek figyelmeztettek a kisebbségek hátrányos megkülönböztetésére, valamint a gyűlöletbeszéd és a kirekesztő szemléletmód elterjedésére.
Alighogy felállt az új kormány, az év második felében újabb pofont kapott Horvátország: Szlovénia javára döntött ugyanis a Horvátországgal fennálló határvita ügyében eljáró hágai nemzetközi döntőbíróság a Pirani-öböl közepén húzódó határvonalat illetően, amelyet az ítélet szerint módosítani kell, hogy a szlovénok ne csak horvát területi vizeken keresztül tudjanak kijutni az Adriai-tengerre. Szlovénia üdvözölte a döntést, Horvátország azonban nem tekinti kötelező érvényűnek.
Az álláspontok az év végére sem közeledtek egymáshoz. Szlovénia perrel fenyeget, valamint bejelentette: mindaddig nem fog hozzájárulni ahhoz, hogy Horvátország csatlakozhasson a Gazdasági Együttműködési és Fejlesztési Szervezethez (OECD), amíg Zágráb elutasítja a hágai nemzetközi döntőbíróságnak a szlovén-horvát határvita rendezéséről hozott ítéletét.
Horvátország közben ismét vesztett egy Mol-INA-perben. A svájci szövetségi bíróság elutasította Horvátország kérelmét, hogy helyezze hatályon kívül a genfi Nemzetközi Kereskedelmi Jogi Bizottság (UNCITRAL) szabályai szerint működő háromtagú bírói testület Ivo Sanader volt horvát kormányfő korrupciós ügyében hozott döntését és Zágrábra nézve kedvezőtlen határozatát. Andrej Plenkovic horvát kormányfő bejelentette: továbbra is kitartanak amellett, hogy Horvátország visszavásárolja a Mol Nyrt. részesedését az INA-ban és ehhez keresik a megfelelő modellt. Plenkovic az INA visszaszerzését 2016. december 24-én jelentette be rendkívüli sajtótájékoztatóján. Horvátország és Magyarország viszonyát továbbra is aláássa a horvát olajipari vállalat körül kialakult helyzet.
A legkellemetlenebb pillanatok elé azonban az egykori Jugoszlávia területén elkövetett háborús bűnöket vizsgáló bíróság állította Horvátországot. A testület elmarasztaló ítéletet hozott hat, háborús bűncselekményekkel vádolt volt boszniai horvát vezető ügyében a délszláv háború idején a boszniai muzulmánok ellen elkövetett etnikai tisztogatások miatt, de egyben megállapította Horvátország akkori vezetőinek felelősségét is a csoport által elkövetett bűncselekményekben. A csoport tagjainak közös céljuk volt, hogy etnikailag tiszta horvát területet hozzanak létre, amit csak úgy érhettek el, hogy végleg eltávolítják a muszlim lakosságot Hercegovinából - állt az ítéletben.
Kolinda Grabar-Kitarovic horvát államfő szerint Horvátország nem volt agresszor, és a legtöbbet tette Bosznia-Hercegovina függetlenségéért. A kormányfő elégedetlenségének adott hangot az NT ítélete miatt, amely szerinte mély morális igazságtalanságot mutat a hat volt boszniai horvát vezetővel és a horvát néppel szemben, majd bejelentette: tiszteletben tartják a bíróság döntését, de a kormány fontolóra veszi a rendelkezésre álló jogi és politikai eszközöket és mechanizmusokat, amelyekkel az ítélet egyes részei ellen fellebbezhet.
A kabinet egész évben, abban az igyekezetében, hogy politikailag mentse a menthetőt, elhanyagolta a fontos, rendszerszintű reformok bevezetését, ami tovább súlyosbította az amúgy is ingatag horvát gazdasági helyzetet, pedig Zágráb 2013-ban nagy reményekkel csatlakozott az Európai Unióhoz.
Szakértők riasztó népességi folyamatokra figyelmeztettek. Minden egyes aktív dolgozóra egy nyugdíjas és egy munkanélküli jut Horvátországban, ami miatt öt éven belül fenntarthatatlan lesz az egészségügyi és szociális rendszer.
Közben egyre csökken a politikusok és a kormány népszerűsége. Először történt meg Horvátországban, hogy a legnépszerűbb politikusok listáján "senki sem" került az élre: közvélemény-kutatások eredménye szerint arra a kérdésre, hogy ki a legnépszerűbb politikus Horvátországban, a megkérdezettek mintegy negyede jelölte be azt a válaszlehetőséget, hogy "senki sem". A szavazók kétharmada gondolja úgy továbbá, hogy Horvátország évek óta rossz irányba halad.
