A Tanács elnökségét félévente más-más uniós tagállam tölti be. E féléves időszak során minden szinten a soros elnökség vezeti a tanácsi üléseket, így biztosítva a Tanácsban az Unió munkájának folytonosságát.
Az elnökséget betöltő tagállamok hármas csoportokban, az úgynevezett elnökségi triókban szorosan együttműködnek egymással. Az elnökségi triók rendszerét a Lisszaboni Szerződés vezette be 2009-ben. A trió tagjai hosszú távú célokat tűznek ki és közös programot készítenek, melyben meghatározzák azokat a témákat és lényeges kérdéseket, amelyekkel a 18 hónapos időszak során a Tanács foglalkozni fog. E program alapján a három ország mindegyike elkészíti saját részletesebb féléves tervét.
A jelenlegi triót a német, a portugál és a szlovén elnökség alkotja.
Az elnökség feladatai
Az elnökség felel az uniós jogalkotással kapcsolatban a Tanácsban végzett munka előmozdításáért. Biztosítania kell az Unió programjának folytonosságát, a jogalkotási folyamatok szabályszerűségét, valamint a tagállamok közötti együttműködést. Feladatai ellátása érdekében az elnökségnek a tisztességes, semleges közvetítő szerepét kell betöltenie.
Az elnökségnek két fő feladatköre van:
1. A Tanács és az előkészítő szervek üléseinek előkészítése és vezetése
A Külügyek Tanácsa üléseinek kivételével az elnökség vezeti a Tanács különböző formációinak és előkészítő szerveinek üléseit. Az előkészítő szervek között vannak állandó bizottságok, mint például az Állandó Képviselők Bizottsága (Coreper), illetve egészen szűk szakterületekkel foglalkozó munkacsoportok és bizottságok is.
Az elnökség gondoskodik a megbeszélések szabályszerű lefolytatásáról, valamint a Tanács eljárási szabályzatának és munkamódszereinek megfelelő alkalmazásáról.
Ezenkívül hivatalos és nem hivatalos találkozókat rendez Brüsszelben és a soros elnökséget betöltő országban.
2. A Tanács képviselete a többi uniós intézménnyel fennálló kapcsolatokban
Az elnökség képviseli a Tanácsot a többi uniós intézménnyel, különösen a Bizottsággal és az Európai Parlamenttel való kapcsolattartás során. Ebben a vonatkozásban az a szerepe, hogy háromoldalú egyeztetések, nem hivatalos tárgyalások és egyeztetőbizottsági ülések segítségével megpróbáljon megállapodást elérni jogalkotási javaslatokról.
Az elnökség szorosan koordinál:
- az Európai Tanács elnökével
- az Unió külügyi és biztonságpolitikai főképviselőjével
Az elnökség azon túl, hogy támogatja a fenti két hivatalt betöltő személy munkáját, időnként felkérést kaphat arra, hogy bizonyos feladatokat ellásson a főképviselő részére, például hogy képviselje a Külügyek Tanácsát az Európai Parlamentben, vagy vezesse a Külügyek Tanácsának ülését, amikor az a közös kereskedelempolitikával kapcsolatos kérdéseket vitat meg.